Manastirea a fost zidita de catre Stefan cel Mare intre anii 1466 si 1469, iar turnul si fortificatiile exterioare au fost terminate in anul 1481.

De-a lungul timpului, Manastirea Putna a trecut prin mai multe incercari grele precum incendii, cutremure sau ocupatii straine.

In anul 1653 biserica este partial distrusa, inclusiv picturile interioare si exterioare. Domnitorul Vasile Lupu este cel ce a poruncit refacerea bisericii, lucrarile de restaurare fiind continuate de voievozii Gheorghe Stefan si Eustratie Dabija, lucrari terminate in anul 1662. In anul 1775 manastirea a intrat sub ocupatie habsburgica, dupa aceasta data suferind mai multe transformari exterioare (a fost extinsa zona de nord a incintei, iar intre anii 1852 si 1856 s-au construit mai multe chilii).

In anul 2004 s-au implinit 500 de ani de la trecerea in nefiinta a Voievodului Stefan cel Mare si Sfant. Manastirea, in interiorul careia se afla mormantul domnitorului, gazduieste in prezent un bogat muzeu manastiresc cu icoane, tablouri, manuscrise si alte obiecte de cult si este totodata un important loc de pelerinaj si de rugaciune.